No hay grandes diferencias, como bien dice cgc y user983248. Pero si a la forma gramatical o formal existe una diferencia bastante importante y cambia el modo de utilización.
En cuestiones gramaticales, el "lo" es una -reduplicación- del objeto directo perdido que en gran parte de los casos es la causa o consecuencia misma. No nos damos cuenta de la diferencia mientras usemos proposiciones y no oraciones simples.
En general la expresión se utiliza como nexo copulativo entre proposiciones consecutivas, pero el "lo" se ha mantenido como un elemento residual de oraciones más simples como:
Juan bailó bien, por lo tanto ganó el concurso.
Donde la gramática discute a veces si son dos oraciones proposicionales (para mí no lo son ya que tienen el mismo sujeto). Reemplazando podríamos decir:
Juan bailó bien, por tanto lo ganó [al concurso]
Ese -lo- es una forma de "el concurso". Nos suena mal decir "al concurso" porque estaríamos repitiendo el OD.
Se entiende mejor con este ejemplo:
Juan bailó bien, por lo tanto lo ganó (Suena un poco mal porque volvemos a repetir el OD)
En una elipsis común se puede eliminar el OD y decir:
Juan bailó bien, por tanto ganó.
Juan bailó bien, por tanto ganó el concurso.
Aquí podemos usar o no "el concurso" porque no se encuentra el "lo".
No sé si ha quedado muy claro, pero básicamente, en oraciones simples sí es importante si se encuentra o no se encuentra. Cualquier duda me consultas.